Screenshot der Webseite von BacDive

Datenbank BacDive erweitert Zugriff auf über 900.000 Metadaten mikrobiologischer Forschungsdaten

Die Bacterial Diversity Metadatabase (BacDive) macht Daten von Bakterien und Archaeen nach den FAIR-Prinzipien weltweit frei zugänglich und intergriert mikrobiologische Metadaten anderer europäischer Stammsammlungen.

Das Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen hat die Datenbank BacDive (the Bacterial Diversity Metadatabase) umfassend erweitert. BacDive ist eine weltweit einzigartige Datenbank, die bisher nicht verfügbare Daten von Bakterien und Archaeen frei zugänglich macht. Die Entwicklung folgt dabei den FAIR-Prinzipien.

Aktuell können Wissenschaftler/innen über 600 Datenfelder für die Suche nach mikrobiologischen Informationen nutzen. Das Repertoire umfasst neben den initialen Speziesbeschreibungen und Stoffwechselprofilen auch Daten über enzymatische Aktivitäten und Antibiotikaresistenzen. Darüber hinaus bietet BacDive mit 9.000 Analytical Profile Tests (API) für über 5.000 bakterielle Stämme die größte öffentlich verfügbare API-Datensammlung weltweit.

Um der Wissenschaft eine umfassende Datenbank bieten zu können, pflegen die DSMZ-Wissenschaftler/innen kontinuierlich auch die mikrobiologischen Metadaten anderer europäischer Stammsammlungen in BacDive ein. Mit dem aktuellen Update integrierte die DSMZ beispielsweise Daten von mehr als 19.505 Bakterienstämmen der schwedischen Sammlung Culture Collection University of Gothenburg (CCUG). Somit sind in BacDive aktuell Informationen zu 80.584 Bakterien und Archaeen abrufbar. Für die wissenschaftliche Arbeit mit quellenübergreifenden Datensätzen müssen die verschiedenen Informationsquellen möglichst direkt über eindeutige Identifikatoren verknüpft sein. Dazu wurden zum Beispiel direkte Links zu der 16S rRNA Sequenz eines Bakterienstammes in der Datenbank SILVA oder zu den an Stoffwechselreaktionen beteiligten Enzymen in der Datenbank BRENDA eingerichtet. Über Verlinkungen in PubMed, NCBI Taxonomy, NCBI Nucleotide, aber auch in Speziesbeschreibungen von Wikipedia gelangen Nutzer zu den strukturierten Metadaten in BacDive.

Das Leibniz-Institut DSMZ - Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH ist die weltweit vielfältigste Sammlung für biologische Ressourcen (Bakterien, Archaea, Protisten, Hefen, Pilze, Bakteriophagen, Pflanzenviren, genomische bakterielle DNA sowie menschliche und tierische
Zellkulturen). An der DSMZ werden Mikroorganismen sowie Zellkulturen gesammelt, erforscht und archiviert. Das Institut mit Sitz auf dem Science Campus Braunschweig-Süd beherbergt mehr als 69.000 Kulturen sowie Biomaterialien.